Η εποπτεία των τύπων οικοτόπων και των ειδών κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα (περιοχές του Δικτύου NATURA 2000 και εθνικός χώρος) πραγματοποιείται σε ανταπόκριση της χώρας στις υποχρεώσεις που απορρέουν από τις Οδηγίες 92/43/ΕΟΚ και 2009/147/ΕΚ (η γνωστή ως σήμερα 79/409/ΕΟΚ).
Το πρόγραμμα της παρακολούθησης υλοποιείται σε δύο κύριους άξονες:
Στις περιοχές του δικτύου NATURA 2000, εκτός αρμοδιότητας υφιστάμενων Φορέων Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών (ΦΔΠΠ)
Και στις περιοχές του εθνικού χώρου εκτός του δικτύου NATURA 2000, εκτός αρμοδιότητας υφιστάμενων ΦΔΠΠ
Το πρόγραμμα εποπτείας-αξιολόγησης της κατάστασης διατήρησης αφορά και σε αυτές τις περιοχές, αλλά σε διαφορετικό (αδρότερο) επίπεδο, σε σύγκριση με τις περιοχές του δικτύου Natura 2000 (Τόποι Κοινοτικής Σημασίας και Ζώνες Ειδικής Προστασίας). Η εποπτεία και η αξιολόγηση της κατάστασης διατήρησης υλοποιούνται για είδη και τύπους οικοτόπων στο σύνολο του εθνικού χώρου, καθώς η αξιολόγηση της κατάστασης διατήρησης ειδών και οικοτόπων σε εθνικό επίπεδο και η σύνταξη των Εθνικών Εκθέσεων για την περίοδο 2007-2012 προϋποθέτει την εποπτεία όχι μόνο εντός, αλλά και εκτός των περιοχών του δικτύου Natura 2000.
Στις περιοχές, για την προστασία των οποίων έχει θεσμοθετηθεί ΦΔΠΠ (περιοχές Natura 2000 και ευρύτερος χώρος ευθύνης των ΦΔΠΠ), τα προγράμματα εποπτείας και αξιολόγησης της κατάστασης διατήρησης ειδών και τύπων οικοτόπων κοινοτικού ενδιαφέροντος αποτελούν αντικείμενο των ΦΔΠΠ και υλοποιούνται με ευθύνη του οικείου ΦΔΠΠ.
Καθώς οι υποχρεώσεις είναι διαφορετικές για τους Τόπους Κοινοτικής Σημασίας (ΤΚΣ) και τις Ζώνες Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ), σημειώνεται ότι τα αντικείμενα της εποπτείας είναι διαφοροποιημένα, ως ακολούθως:
Για τους Τόπους Κοινοτικής Σημασίας (ΤΚΣ) είναι απαραίτητη η καταγραφή, η αξιολόγηση της κατάστασης διατήρησης και η εποπτεία της κατάστασης διατήρησης των τύπων οικοτόπων και των ειδών χλωρίδας και πανίδας των Παραρτημάτων II, IV και V της Οδηγίας 92/43.
Για τις Ζώνες Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ) είναι απαραίτητη η καταγραφή, η αξιολόγηση της κατάστασης διατήρησης και η παρακολούθησή της κατάστασης διατήρησης της ορνιθοπανίδας της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ (όλων των ειδών ορνιθοπανίδας του Παραρτήματος Ι της Οδηγίας 2009/147/ΕΕ, των μεταναστευτικών ειδών που μπορούν να αποτελέσουν είδη χαρακτηρισμού των ΖΕΠ καθώς και των κοινών ειδών).
Για τις περιοχές εκτός του Δικτύου Natura 2000 είναι απαραίτητη η καταγραφή, η αξιολόγηση της κατάστασης διατήρησης και η εποπτεία της κατάστασης διατήρησης των τύπων οικοτόπων και των ειδών χλωρίδας και πανίδας των Παραρτημάτων II, IV και V της Οδηγίας 92/43, καθώς και της ορνιθοπανίδας.
Στο πλαίσιο των ανωτέρω, το ΥΠΕΚΑ έχει αναθέσει την εκπόνηση εννέα μελετών:
Μελέτη 1: Οριζόντιος τεχνικός και επιστημονικός συντονισμός των μελετών Εποπτείας και Αξιολόγησης της Κατάστασης Διατήρησης Ειδών και Τύπων Οικοτόπων στην Ελλάδα και συνθετική αξιοποίηση των αποτελεσμάτων.
Μελέτη 2: Εποπτεία και Αξιολόγηση της Κατάστασης Διατήρησης τύπων οικοτόπων κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα.
Μελέτη 3: Εποπτεία και Αξιολόγηση της Κατάστασης Διατήρησης ειδών χλωρίδας κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα.
Μελέτη 4: Εποπτεία και Αξιολόγηση της Κατάστασης Διατήρησης ειδών ασπονδύλων κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα.
Μελέτη 5: Εποπτεία και Αξιολόγηση της Κατάστασης Διατήρησης ειδών αμφιβίων / ερπετών κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα.
Μελέτη 6: Εποπτεία και Αξιολόγηση της Κατάστασης Διατήρησης ειδών ιχθυοπανίδας κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα.
Μελέτη 7: Εποπτεία και Αξιολόγηση της Κατάστασης Διατήρησης ειδών θηλαστικών κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα.
Μελέτη 8: Εποπτεία και Αξιολόγηση της Κατάστασης Διατήρησης θαλάσσιων ειδών και τύπων οικοτόπων κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα.
Μελέτη 9: Εποπτεία και Αξιολόγηση της Κατάστασης Διατήρησης ειδών ορνιθοπανίδας στην Ελλάδα.
Το αντικείμενο των μελετών 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 και 9 είναι η αξιολόγηση της κατάστασης διατήρησης των αντίστοιχων θεματικών αντικειμένων, ενώ το αντικείμενο της μελέτης 1 είναι ο συντονισμός των υπόλοιπων 8 μελετών.